У 1846 році фінський палеонтолог Олександр фон Нордман відкрив заповнену глиною печеру с рештками стародавніх істот на схилах Карантинної балки.

Це було перше місце на півдні України, де знайшли викопні рештки фауни, та одне з перших на території тогочасної Російської імперії. Роком пізніше Нордман відкрив ще кілька карстових порожнин з такими залишками на околиці села Нерубайське, що у передмісті Одеси.

Втім, коли палеонтолог разом з колекцією поїхав додому у Фінляндію, інтерес до унікальних об'єктів у самій Одесі поступово почав згасати.

У 1875 році міська управа організувала експедицію, учасники якої провели фотозйомку підземних масивів та склали їх опис. На жаль, збереглися тільки описи документів експедиції, а самі документи загубилися.

Зробили свій внесок у дослідження підземелля і представники місцевої жандармерії, які вивчали катакомби задля пошуку різних злодюжок.

Майже протягом року дослідники проводили під землею по 13-17 годин на добу. У результаті вони склали перші плани катакомб – позначили колодязі, галереї та коридори.

Окрім цього, експедиція знайшла природну карстову печеру з палеонтологічними рештками тварин, які мешкали на цій території три з половиною мільйона років тому. А це верблюди, шаблезубі тигри, носороги та мастодонти.

Сьогодні знайдені у катакомбах артефакти складають основу експозицій одеських підземних музеїв.
У Нерубайському, наприклад, знаходиться Меморіальний комплекс та підземний музей, споруджений у 1969 році в пам'ять про партизанський загін Молодцова. Музеєм стала реальна стоянка партизанів на третьому рівні катакомб разом з речима, що там знайшли: стіл, стільці, дзеркало, гасові ліхтарі і навіть щось на кшталт маленького млина для подрібнення зерна. Тут же у підземеллі загін мав свій тир: за 15 метрів у тунелі вже не було чутно пострілів. Щоправда, згодом музей довелося перенести з третього рівня на перший через підняття ґрунтових вод.